GNU Scientific Library

Cluster Anwendungssoftware

#Cluster, #Cluster-Anwendungssoftware, #HPC

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Kosten

Kostenfrei

Dokumentation

http://www.gnu.org/software/gsl/doc/html/index.html

Vorinstalliert auf dem Cluster

GSL Version 2.6

Allgemein

Auf dem OMNI-Cluster ist die GNU Scientific Library (GSL) in der Version 2.6 installiert.

Die GNU Scientific Library ist eine in C geschriebene Kollektion von Funktionen für numerische Rechnungen (z.B. Routinen für lineare Algebra und Fast-Fourier-Transformationen). Die vollständige Dokumentation finden Sie hier.

Sie können die GSL mit dem folgenden Befehl laden:

module load gsl

Bitte beachten Sie, dass aufgrund der Modulstruktur von OpenHPC das GSL-Modul nicht immer mit module avail sichtbar ist. Es ist nur sichtbar, wenn ein Compiler-Modul geladen ist. Standardmäßig ist auf OMNI immer das Modul gnu9 (GCC 9.3.0) geladen, es könnte jedoch sein, dass Sie dies absichtlich oder unabsichtlich entladen haben. In diesem Fall können Sie sich mit module spider gsl Details zum GSL-Modul anzeigen lassen.

Die GSL-Installation ist in mehreren Varianten verfügbar, je nachdem, welchen Compiler Sie verwenden möchten. Mit dem folgenden Befehl können Sie die Varianten listen:

$ module spider gsl
(...)
    Description:
      GNU Scientific Library (GSL)

    You will need to load all module(s) on any one of the lines below before the "gsl/2.6" module is available to load.

      gnu9/9.3.0
      intel/19.0.5.100010_cm9.0_6a80743563
      intel/19.0.5_2019
      intel/19.1.2.100006_cm9.0_ae8d786e90

Wenn Sie ein Programm compilieren möchten, das die GSL verwendet, können Sie die entsprechenden Umgebungsvariablen referenzieren. GSL setzt mindestens die folgenden Variablen:

  • GSL_DIR: GSL-Installationsverzeichnis
  • GSL_LIB: GSL-Bibliotheksverzeichnis
  • GSL_INC: Include-Verzeichnis von GSL

Außerdem werden weitere Variablen wie z.B. PATH und LD_LIBRARY_PATH gesetzt. Sie können mit module show gsl eine komplette Liste der Einstellungen anzeigen lassen, die beim Laden gesetzt werden.

Achtung: Wenn Sie ein Programm ausführen, das die GSL-Libraries verwendet, müssen diese auch zur Laufzeit auffindbar sein. Das heißt, Sie müssen auch zur Laufzeit das GSL-Modul laden (oder zumindest muss der LD_LIBRARY_PATH das GSL-Verzeichnis enthalten).

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